Hier die Fragen, wie sie mir grade einfallen und in eigenen Worten. Keine Garantie auf Vollständigkeit.

1) Fragen zu Force fields und Ensembles.Nennen Sie Arten von interactions. Was ist ein Ensemble, wieso braucht man das für die Simulation? Welche Arten molekularer WW sind aufwändiger zu berechnen, bonded oder non-bonded interactions? Warum?

2) Conformational sampling. Was kann passieren, wenn ich bei der conformational search "weitab" von der optimalen conformation starte? (A: Es kann passieren, dass man in einem lokalen Minimum stecken bleibt)

3) Wie lang muss typischerweise ein Simulationsschritt in einer MD sein und warum? Wieviele Schritte braucht man daher, um 1 µs zu simulieren? Nennen sie min. eine sinnvolle Analyse, um herauszufinden, ob Sie gerade eine aussagekräftige Simulation durchgeführt haben. Welche drei "system properties" muss ein Ensemble zumindest haben? (A: z.B. NVT, µVT usw.)

4)Arten der Strukturaufklärung (NMR, X-Ray). Eine davon auswählen und näher beschreiben sowie erklären, wie Simulationen hier sinnvoll eingesetzt werden könnten. Auf welche praktischen Probleme stoßen Sie bei der jeweiligen Methode der Strukturaufklärung. Was ist schwieriger zu simulieren: Ein Protein in Vakuum mit 2395 Atomen oder 1000 Wassermoleküle. Warum?

5) Calculation of Free energies. Mindestens eine Methode nennen und beschreiben, um die freie bindungsenergie (deltadeltaG) zu berechnen.

Im Grunde fragt er halt so, dass mans nur beantworten kann wenn mans verstanden hat. Es hilft ungemein, das Projekt und die Prüfung zeitnah zu absolvieren.

Lg

War beim Termin im Dezember 2014 eine sehr ähnliche Prüfung. Er fragt sehr auf Verständnis und wenn man die Übungen und das Protokoll schon gemacht hat ist die Prüfung dazu gar nicht so schwer. Ist wirklich eine gute Möglichkeit sicher selber zu überprüfen ob man die Inhalte verstanden hat. Es lohnt sich auch zur Einsichtnahme zu gehen, dort werden dann die letzten Unklarheiten ausgeräumt. Alles in allem also halb so wild!

_________________

" Nur durch beständige Ausführung des scheinbar Unmöglichen kann der Erfolg gesichert werden."  (Peter Kropotkin)