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Rosenmayr
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Betreff des Beitrags: Hilfe bei Exam Questions 3c und 6 Verfasst: 09.04.2013, 13:15 |
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Versuchskaninchen |
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Registriert: 12.04.2009, 16:54 Beiträge: 39
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Hallo! Kann mir jemand bei den Fragen die Nummer 3c mit der PAM score berechnung und die Frage 6 erklären?
Danke
Mfg Lucas
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Annwann
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Betreff des Beitrags: Re: Hilfe bei Exam Questions 3c und 6 Verfasst: 13.04.2013, 18:01 |
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Versuchskaninchen |
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Registriert: 28.07.2009, 16:38 Beiträge: 61
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Hi! Bei Frage 3c muss man glaube ich einfach die entsprechenden Aminosäuren in der Matrix suchen, die Zahlenwerte addieren (für den Sprung/gap -12) und das ergebnis ist die score. Bei mir kommt -8 raus, ich glaube das heißt, dass die 2 sequenzen sehr unähnlich sind, weil die beobachteten Substitutionen statistisch gesehen seltener vorkommen, als "by random chance". AS-Paare, die in ihrem Eigenschaften sehr verschieden sind haben ja niedrige Werte, weil sie die Eigenschaften oder die Struktur des Proteins verändern und das heißt, dass die Peptide entweder nicht homolog sind oder sehr entfernt verwandt. Oder? Frage 6 ist echt tricky, hab ein bissl im Internet nachgelesen, aber alles kann ich leider auch nicht beantworten. Weißt du die Antwort auf Frage 4d? LG
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Rosenmayr
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Betreff des Beitrags: Re: Hilfe bei Exam Questions 3c und 6 Verfasst: 15.04.2013, 07:57 |
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Versuchskaninchen |
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Registriert: 12.04.2009, 16:54 Beiträge: 39
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Hi! Danke für die Antwort. Habs aber schon rausgefunden!! Für die Frage 4d is meiner Meinung nach eher eine blabla Antwort nötig. Ich glaub eher Nein. Weil um zu wissen wie ein Protein funktioniert, reicht es meiner Meinung nach nicht aus, nur zu wissen wie es aussieht. Da kennt man ja noch nicht die ganzen "Bonds" die ja auch ausschlaggebend sind. Aber wie gesagt, dass is nur ein Vorschlag, obs richtig ist oder nicht weiß ich leider auch nicht. Lg
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tombo
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Betreff des Beitrags: Re: Hilfe bei Exam Questions 3c und 6 Verfasst: 15.04.2013, 11:58 |
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Versuchskaninchen |
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Registriert: 14.12.2007, 15:01 Beiträge: 58
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grüß euch... also bei 3c komm ich auch auf -8 nur bn ich mir nicht sicher obs ein zufall war... F A R M A N I M A L S M A R S A T T - A C K 0 2 6 -2 2 0 0 -12 2 -6 ? (verschiebt sich leider ein wenig...geht aber nicht besser) Also kommt das hin? lässt man bei den letzten 2 AS den wert einfach weg, wenn es keinen in der matrix gibt? THX
und bei 3d soll man da ne dot matrix zeichnen ? also die mit den punkten bei übereinstimmungen?
THX
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Rosenmayr
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Betreff des Beitrags: Re: Hilfe bei Exam Questions 3c und 6 Verfasst: 15.04.2013, 12:27 |
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Versuchskaninchen |
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Registriert: 12.04.2009, 16:54 Beiträge: 39
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Hi! Ja minus 8 kommt bei mir auch raus. Und wenns keine Übereinstimmung in der Matrix gibt müsste man es eigentlich auslassen. Und bei 3 d musst du eine Dotmatrix zeichnen, also x y Achse und die Punkte wo's übereinstimmt und dann die diagonale ziehen.
Lg
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tombo
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Betreff des Beitrags: Re: Hilfe bei Exam Questions 3c und 6 Verfasst: 15.04.2013, 12:45 |
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Versuchskaninchen |
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Registriert: 14.12.2007, 15:01 Beiträge: 58
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Hi! danke für die schnelle antwort... bei der dot matrix ist die x achse die orginal sequenz oder? also AMINOACIDSCHANGEDRESIDUESWITHAGAPAMINOACIDS oder lieg ich da falsch? und wie erkenne ich ob es sich bei den "leeren" stellen um eine Point mutation oder deletions / insertions handelt? oder geht das gar nicht? Ich war leider berufsbedingt nicht in der vo, deshalb die kleinen verwirrungen... THX a lot
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Rosenmayr
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Betreff des Beitrags: Re: Hilfe bei Exam Questions 3c und 6 Verfasst: 15.04.2013, 13:58 |
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Versuchskaninchen |
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Registriert: 12.04.2009, 16:54 Beiträge: 39
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Hi! Also ich glaub dass es bei der Frage nur darum geht, dass du weißt was eine Dotmatrix ist und sie zeichnen kannst. Ob das jetzt eine point Mutation Insertion oder Deletion ist, sollte da ziemlich egal sein. Wobei das bei dem Beispiel sehr nach deletion aussieht! Bin mir aber nicht sicher.
Lg
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Rosenmayr
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Betreff des Beitrags: Re: Hilfe bei Exam Questions 3c und 6 Verfasst: 15.04.2013, 14:28 |
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Versuchskaninchen |
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Registriert: 12.04.2009, 16:54 Beiträge: 39
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Könnte mir noch irgendwer bei der Frage 6 helfen? Da steh ich komplett an und in den Folien steht auch nicht wirklich viel darüber. Danke
Lg
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Lycaon
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Betreff des Beitrags: Re: Hilfe bei Exam Questions 3c und 6 Verfasst: 31.05.2013, 16:24 |
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Eprouvettenschüttler/in |
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Registriert: 07.01.2008, 16:21 Beiträge: 117
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Zu Frage 6 (ich versuchs mal): a) repetitive Sequenzen bzw. low complexity regions führen zu künstlichen hits/scores also false positives, da sie häufig vorkommen, auch in nicht miteinander verwandten Sequenzen. Das Ganze umgeht man damit, dass man sie maskiert, entweder durch "hard masking" (=komplett ignorieren, werden dann in Blast mit bestimmten Großbuchstaben markiert) oder "soft masking" (=bei der word construction ignorieren, aber für extensions/optimizations verwendet, werden dann mit bestimmten Kleinbuchstaben markiert). b) schwierig. Keine Ahnung ob das stimmt: Glycin ist ziemlich flexibel (da klein), deshalb wird in der ersten Sequenz eher kein Prolin vorhanden sein, da es mit seiner Starrheit den gegenteiligen Effekt hätte (in der zweiten Sequenz kommt es auch vor, allerdings sind in der ersten 50% der Sequenz Glycin, in der zweiten nur 1/3). Mir macht "flexibel-starr-starr-flexibel-starr-starr" mehr Sinn als "flexibel-starr-flexibel-starr-etc". Ansonsten fällt mir hier nichts ein. c) sind beides große Moleküle, wodurch man bei der NMR Probleme durch das komplizierte Spektrum haben wird und bei der Röntgenstrukturanalyse ein Problem mit der Kristallisation haben wird bzw. eine eine hohe Auflösung braucht, damit der Röntgenfilm (diffraction pattern) noch auswertbar ist. d) entweder durch ab initio (statistisch z.B. Chou Fasman) oder homology modelling. Ich würde sagen, dass es schwierig wird, einerseits weil bei der ab initio Methode die Vorhersage für "long distance interactions" wie bei ß-sheets sehr schwierig ist (für alpha-Helix jedoch einfach), andererseits weil diese zwei Proteine für das HM schon (zu) speziell sind. Normalerweise findet man in einer alpha-helix kaum Prolin/Glycin (die am wenigsten häufigen AA in einer Helix laut Stryer Seite 56) und Serin/Alain sind auch noch sehr weit von den bevorzugten, typischen Faltblatt-Aminosäuren entfernt. e) Wasserstoffbrückenbindungen Wäre toll wenn ihr Falsches korrigiert oder noch was ergänzt
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jetstream
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Betreff des Beitrags: Re: Hilfe bei Exam Questions 3c und 6 Verfasst: 01.06.2013, 09:00 |
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Versuchskaninchen |
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Registriert: 20.11.2008, 15:45 Beiträge: 15
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ad 6b) - echt verdammt schwere frage....
wir wissen, dass wir einmal ein beta-strand haben und einmal eine alpha-helix...
prinzipiell:
beta-strand: as-reste schauen immer alternierend auf eine seite des strands. "beta strands near the surface of the protein tend to show an alternating pattern of hydrophobic and hydrophilic regions, whereas strands buried at the core of a protein are nearly all hydrophobic". die jenigen mit ähnlichen eigenschaften schauen bevorzugt in eine richtung....
- (Gly - Ser - Gly - Ala - Gly - Ala) -
bis auf Ser is da ansich alles hydrophob. die tatsache, dass jedes zweite ein gly is, passt mit dem zick-zack find ich auch ganz gut zusammen. laut wiki sorgt der hohe gly und auch ein bissl der hohe ala gehalt dafür (sind beide klein), dass das ganze ziemlich tight gepacked werden kann, wodurch sich auch erklären lässt, wieso der strang so robust is.....
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alpha-helix: hydrophobe schauen nach innen, hydrophile nach außen...jede dritte is im normalfall hydrophob....
gly an jeder dritten stelle passt somit....pro aber eigentlich auch...und ansich sind laut buch beide typischerweise _nicht_ in helices anzutreffen....
wiki sagt: gly is klein und passt daher gut nach innen und is somit die jede dritte hydrophobe. "Prolin fungiert hier aufgrund seiner starren Ringstruktur als „Ecke“ in der Polypeptidkette und unterstützt die Ausbildung von engen Windungen innerhalb der Tripelhelix. 4-Hydroxyprolin ist überwiegend an Position Y lokalisiert und stabilisiert die Tripelhelix über Wasserstoffbrücken zwischen benachbarten Polypeptidketten."......wobei letzteres ebenfalls laut wiki (allerdings steht das nur im artikel zu hyrdoyprolin) mittlerweile als widerlegt gilt, und es wahrscheinlich an einem gauche effekt liegt...
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langer rede kurzer sinn: außer dass man erkennt, dass die eine sequenz mehr oder weniger abwechselnd is (und dies für das zig-zag vom beta-strand spricht) und die andere immer in 3er abfolgen (und dies ansich wunderbar zu einer helix passt) gibt es da meiner meinung nach wenig, was man ohne zusatzwissen dazu sagen könnte.....außer die schon oberhalb erwähnte geschichte mit der starrheit von pro....
aber vielleicht is das ja auch alles, worauf er hinaus will...
die restlichen unterpunkte würd ich ebenfalls ähnlich wie lycaon sehen...
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Someth
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Betreff des Beitrags: Re: Hilfe bei Exam Questions 3c und 6 Verfasst: 09.07.2013, 19:38 |
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Versuchskaninchen |
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Registriert: 08.10.2009, 16:11 Beiträge: 2
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Danke für die antworten habe auch etwas darüber nachgedacht und hätte es auch ca so beantwortet, war mir aber nicht sicher und jetzt habe ich eine Bestätigung
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Rolomatic
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Betreff des Beitrags: Re: Hilfe bei Exam Questions 3c und 6 Verfasst: 13.03.2014, 13:50 |
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Versuchskaninchen |
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Registriert: 13.03.2008, 08:22 Beiträge: 85
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bei 3c
leute ich komm da einfach auch mit der hilfe nicht drauf. wie man diese Matrix anfertigt. ok so wie im buch ja verstehe ich aber der gap score wie nutzee ich den dann?
hat wer nen link wo das genauer erklärt is?
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cankat
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Betreff des Beitrags: Re: Hilfe bei Exam Questions 3c und 6 Verfasst: 25.08.2015, 17:23 |
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Eprouvettenschüttler/in |
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Registriert: 18.09.2010, 17:19 Beiträge: 131
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hey leute,
wie kommt ihr bei 3c auf -8? also bei mir: F A R M A N I M A L S M A R S A T T - A C K 0 2 6-2 2 0 0 / 2-6 0 -> 4 und wie rechne ich dann weiter? W(n)= -12-1(4-1)?
und bei 3d wäre super, wenn mir da auch wer helfen könnte!
lg
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davidson
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Betreff des Beitrags: Re: Hilfe bei Exam Questions 3c und 6 Verfasst: 30.08.2015, 12:21 |
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Versuchskaninchen |
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Registriert: 16.11.2009, 11:50 Beiträge: 2
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@cankat: Machst du die Prüfung auch am 15.9.2015 und magst dich treffen um die Fragen gemeinsam durchzuarbeiten, meine tel.nr 069918774918
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cherry
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Betreff des Beitrags: Re: Hilfe bei Exam Questions 3c und 6 Verfasst: 28.01.2016, 10:25 |
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Versuchskaninchen |
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Registriert: 05.12.2013, 12:46 Beiträge: 27
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Hey! Wo findet man eigentlich diese Exam Questions? Auf bokulearn kann ich sie nicht finden... lg
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