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LBT - Lebensmittel und Biotechnologie • Thema anzeigen - regular expressions
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 Betreff des Beitrags: regular expressions
 Beitrag Verfasst: 25.05.2013, 09:05 
Eprouvettenschüttler/in
Eprouvettenschüttler/in

Registriert: 07.01.2008, 16:21
Beiträge: 117
Weiß jemand, wie eine RE für ein multiple sequence alignment aussieht, das gaps enthält? Steht als Frage in der Zusammenfassung, nur hab ich wo gelesen, dass REs eben gaps nicht handlen können..

Danke!

link: http://www.incogen.com/bioinfo_tutorials/Bioinfo-Lecture_5-models-motifs.html Slide 7


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 Betreff des Beitrags: Re: regular expressions
 Beitrag Verfasst: 30.05.2013, 18:30 
Versuchskaninchen
Versuchskaninchen

Registriert: 20.11.2008, 15:45
Beiträge: 15
is jetzt nur das, was ich mir selber zamgereimt hab - man möge mich also bitte verbessern, wenns ein schwachsinn is...

mit z.B X(2,4) kannst du angeben, dass entweder zwei, drei _oder_ vier undefinierte aminosäuren bzw. nucleotide an diese stelle gehören...(is bei der auflistung in deinem link nicht dabei, auf den folien aber schon...)

also wenn man jz von slide7 in deinem link die obersten drei sequencen zusammenführen will, könnte man ja dann schreiben:

A-C-A-X(1,3)-A-[T,G]-[G,C]

wenn man die vierte auch noch dazu nimmt, müsste man dann halt folgendes schreiben...

...........X(0,3)..............

wobei da dann halt die frage is, ob ein nuller überhaupt erlaubt is....andererseits...wozu gäbs denn überhaupt die möglichkeit der (zahl, zahl) angabe, wenn nicht eben dafür, um gaps zu ermöglichen....

viel glück, falls du auch nächste woche schreibst...


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 Betreff des Beitrags: Re: regular expressions
 Beitrag Verfasst: 31.05.2013, 14:17 
Eprouvettenschüttler/in
Eprouvettenschüttler/in

Registriert: 07.01.2008, 16:21
Beiträge: 117
Hey, ja so hätte ich es auch gemacht, nur wär eben die Frage, ob man vor allem den Ausdruck mit "0" schreiben darf.

Es gibt Elemente, die z.B. in Proteinen nicht hinein dürfen (Prolin/Glycin bei alpha-Helix/ß-sheet), wenn dort nun steht X beinhaltet das aber eben auch diese, wodurch man wieder "alles außer Prolin/Glycin = {Prolin,Glycin}" schreiben müsste.
Ich meine damit, dass ich leider nicht weiß, ob ich X schreiben darf, da mein gap keine Aussage darüber liefert, was erlaubt ist und was nicht.

Und dazu kommt noch, ob ich zwei Klammern kombinieren darf - bei einem 3er-gap wie im link:

{Prolin,Glycin}(1,3) oder doch lieber
{Prolin, Glycin}-{Prolin,Glycin}-{Prolin,Glycin}?

Danke jedenfalls für die Antwort, ich werde es genauso machen. Und ich denke nicht, dass er uns ein alignment gibt, das gaps enthält :)


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 Betreff des Beitrags: Re: regular expressions
 Beitrag Verfasst: 01.06.2013, 09:10 
Versuchskaninchen
Versuchskaninchen

Registriert: 20.11.2008, 15:45
Beiträge: 15
Lycaon hat geschrieben:
Hey, ja so hätte ich es auch gemacht, nur wär eben die Frage, ob man vor allem den Ausdruck mit "0" schreiben darf.

Es gibt Elemente, die z.B. in Proteinen nicht hinein dürfen (Prolin/Glycin bei alpha-Helix/ß-sheet), wenn dort nun steht X beinhaltet das aber eben auch diese, wodurch man wieder "alles außer Prolin/Glycin = {Prolin,Glycin}" schreiben müsste.
Ich meine damit, dass ich leider nicht weiß, ob ich X schreiben darf, da mein gap keine Aussage darüber liefert, was erlaubt ist und was nicht.

Und dazu kommt noch, ob ich zwei Klammern kombinieren darf - bei einem 3er-gap wie im link:

{Prolin,Glycin}(1,3) oder doch lieber
{Prolin, Glycin}-{Prolin,Glycin}-{Prolin,Glycin}?

Danke jedenfalls für die Antwort, ich werde es genauso machen. Und ich denke nicht, dass er uns ein alignment gibt, das gaps enthält :)



jop ich verstehe die bedenken. wobei die geschichte mit pro und gly dürfen nicht in eine alpha-helix mich grad ein bisschen schmunzeln lässt, angesichts frage 6 im anderen thread :wink:

also wenn das mit kein pro/gly nicht dediziert durch die sequenzen ersichtlich is, glaub ich nicht wirklich, dass man das mitbedenken muss...vor allem weil die beiden ja eben doch nicht komplett "verboten" sind....

glaub es ansich auch nicht, dass er zwecks regular expressions was mit gaps gibt. und wenn schon, dann würd ich ihm einfach genau die überlegungen aus diesem thread hin schreiben. und einen satz, dass das ganze wunderbar beweist, dass regular expressions halt nicht alle informationen umfassen können und pssm/profile/hmm daher eigentlich zu bevorzugen wären ;)


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