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LBT - Lebensmittel und Biotechnologie • Thema anzeigen - Translation of the HIV RT gene
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 Betreff des Beitrags: Translation of the HIV RT gene
 Beitrag Verfasst: 11.09.2015, 08:52 
Versuchskaninchen
Versuchskaninchen

Registriert: 17.02.2013, 20:10
Beiträge: 3
Hey an alle!
Brauche Hilfe zur folgenden Folie (L3_Sequence Analysis, S. 13 Folie "Translation of the HIV RT gene"). Und zwar versteh ich nicht ganz wie ich diese Fragen bantworten kann..
•What is the correct reading frame?
•What kind of clever trick is being used?

Die Angaben sind folgende:

Reading frame 1:
–236 ‘proteins’ with average length of 11 amino acids

•Reading frame 2:
–260 ‘proteins’ with average length of 10 amino acids

•Reading frame 3:
–80 ‘proteins’ most with length < 10 amino acids
–Two proteins with length 1015 and 863 amino acids

Hoffentlich kann mir wer helfen!

glg


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 Betreff des Beitrags: Re: Translation of the HIV RT gene
 Beitrag Verfasst: 11.09.2015, 16:54 
Versuchskaninchen
Versuchskaninchen

Registriert: 28.09.2012, 08:49
Beiträge: 13
Ich kann dir nicht garantieren dass das so stimmt, aber ich hab mir das so zusammengereimt:

Es geht hier ja um 1 (!) Protein, die HIV Reverse Transkriptase. Auch ohne das jetzt auf Wikipedia nachzulesen würde ich mal spekulieren dass die aus 1 bis maximal 4 Monomeren besteht. Ganz sicher aber nicht aus 260, dh sind die beiden Varianten ja schon aus dem Grund recht unwahrscheinlich.

Nachdem es sich hier um einen Virus handelt ist splicen ausgeschlossen, dh wären bei den RF 1 & 2 nur 11 Aminosäuren lange Proteine vorhanden. Das is schon verdammt kurz für ein Protein ( wäre nicht mal eins, eher ein Peptid wenn überhaupt). >1k AS dagegen ist ein sehr realistischer Wert.

Was er mit dem "clever trick" meint bin ich mir nicht sicher. Aber hier ein paar Vorschläge:
- da das Stopp Codon (EDIT: davor Methionin geschrieben, is natürlich falsch) durch den Zufall eigentlich recht oft vorkommt, wird der RF mit den geringsten ORFs ausgewählt, da das auf Proteine hindeutet.

- Ribosom binding sites (RBS), Shine-Dalgarno-Sequenz, TATA-Box etc davor hilft auch ORFs zu erkennen.

- Statistische Untersuchung (HMM etc) hilft Proteine zu erkennen

- Sequenz in AS übersetzen und nach homologen Proteinen suchen.

Hoffe das hilft!


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 Betreff des Beitrags: Re: Translation of the HIV RT gene
 Beitrag Verfasst: 13.09.2015, 07:45 
Versuchskaninchen
Versuchskaninchen

Registriert: 17.02.2013, 20:10
Beiträge: 3
Hey Kyril!

Vielen Dank für die Antwort :)
Hab jetzt endlich den Ansatz gecheckt, danke dir!!


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