Ich glaub in der Altfragensammlung stehen die meisten Fragen dabei.
Wenn der Teil von der Prof. Hauser gemacht wird - sie ist sehr nett.
Ich hab mir das letzte .pdf angesehen; da war eine Frage so:
"Wie gehen Sie vor, wenn Sie die codierenden Gene bzw. Proteine der Viren i) Sars-Cov 2 und ii) des Cauliflower Mosaik Virus bestimmen wollen?"
Bin mir nit sicher ob das mit Epigenetik zu tun hat; meine Fragen damals
waren anders. Glaube es war Bisulfit-sequenzierung oder Methylgruppen
an Cytosin aber ich hab das eh damals irgendwo gepostet, glaub eh im
.pdf.
Aber wie dem auch sei, um auf diese Frage zu gehen:
Sars-CoV 2 hat ein RNA Genom.
CaMV hat ein dsDNA Genom.
Wir wollen nun herausfinden welche ORF es gibt. Ich würde daher zuerst
das gesamte Genom (ist ja bei beiden bekannt) analysieren. Also zuerst
einmal alle ORFs auffinden. Ich gehe mal aus das das Start-Codon AUG sein
wird (in der RNA). Das heisst wir müssen das gesamte Genom in den 3 forward-frames, und dann auch das reverse Genom analysieren nach ORFs.
Eigentlich sollte das NCBI BLAST eh automatisch machen so das das erleichtert wird über das web-interface.
Wie dem auch sei, wir listen welche ORFs relevant sein könnten. Das sind wohl nur manche ab einer bestimmten Länge.
Sars-CoV 2 hat zumindest zwei grössere ORFs (ORF1a und ORF2a).
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2637536/Nach der bioinformatischen Analyse müssen wir natürlich auch noch
schauen ob dies real exprimierte Gene sind.
Dies könnte man über Mutationsanalysen also bestimmte Codons
mutieren und schauen was passiert (die strukturalen Protein bei Sars
sind in der Nähe des 3' Terminus, sofern ich mich richtig erinnern kann).
Ich bin mir nit ganz sicher wieso auch das CaMV genannt wird. Wenn die
Frage auf PCR getrimmt ist, dann ist vermutlich die Antwort das die
RNA-Genome zuerst in dsDNA konvertiert werden müssen für die PCR,
die ja dsDNA benötigt - also reverse Transkriptase verwenden. Das würde
dann bei CaMV entfallen da dies ein dsDNA Genom besitzt. Wobei CaMV
interessanterweise auch reverse Transkriptase verwendet, aus einem
RNA Teil - siehe wikipedia hierzu.
Nachweisen welche Änderungen erzielt werden könnte man über reporter
genes, Fusionsproteine mit GFP vielleicht und schauen ob und welche
Effekte diese Veränderungen erzielen. Da gibt es ja noch viele weitere
Methoden; ich glaub jedoch das das alles gar net so genau erklärt werden
muss. Geht wahrscheinlich primär um die reading frames, und die RNA versus
DNA Situation.
Zu den 6 reading frames: grundsätzlich wissen wir ja nie a priori welche
reading frames relevant sind. Das kommt aber natürlich auf den Genom-Typ
an, ob +ssRNA -ssRNA, ambisense oder nicht. Eventuell habe ich da etwas
übersehen bei CoMV, aber ich denke das die Antwort hier zumindest einmal
ein Ansatz ist. Mit Epigenetik sollte das aber nix zu tun haben; soweit ich
weiss benutzt Sars CoV2 nix mit Epigenetik, nix Methylierungen oder sonst
was. Aber Polyproteine werden verwendet, das heisst für den Nachweis
hier muss man eventuell noch truncated Proteine analysieren. Und nachweisen das die exprimiert werden.
(Edit: Die Epigenetik-Frage war Folgende Nukleotidsequenz wird einer Bidulfitbehandlung unterzogen: 5 ́-C-mC-G-A-A-mC-C-C-C-T-mC-G-G-C-G-3 ́ (wobei mC= 5-methylcytosin) Welche Nukleotid(säure?)sequenz erhält
man nach der Behandlung?" aber das ist einfach zu beantworten wenn man weiss ob 5-methylcytosin durch Bisulfit verändert wird oder nit. Je nach dem schreibt man dann eben die andere Sequenz hin; in einem Fall schützt die Methylgruppe vor Bisulfit, oder eben nicht; hab das jetzt grad nit auswendig im Kopf ob ja oder nein.)
