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catti
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Betreff des Beitrags: Week 3 problems 2014 Verfasst: 17.03.2014, 12:05 |
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Versuchskaninchen |
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Registriert: 14.11.2006, 21:38 Beiträge: 66
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Hier die Angabe von dieser Woche! Bezieht sich auf Kapitel 4 des Buches...
Dateianhänge: |
Foto.JPG [ 514.55 KiB | 799-mal betrachtet ]
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chrisz
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Betreff des Beitrags: Re: Week 3 problems 2014 Verfasst: 17.03.2014, 14:06 |
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Versuchskaninchen |
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Registriert: 20.11.2010, 16:48 Beiträge: 59
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Anbei ein Lösungsvorschlag:
Ka unterscheidet sich immerhin um 2 Größenordnungen, was mich nicht unbedingt zuversichtlich stimmt.
P1 habe ich mit Rosenthal gelöst und für gebundenen Ligand auf der x-Achse einfach die RUs genommen. Die y-Achse sind die RUs durch den zugegebenen Liganden dividiert und dann mit einer linearen Trendlinie ergänzt. Aus der Steigung folgen und Kd (6,6E-8(M)) und Ka (1,5E+7(M-1))
P2 stell ich mir zumindest so vor, dass man es so rechnet. ^.^ (Ergebnisse finden sich in der angehängten Tabelle)
Dateianhänge: |
Week3 P1 und P2.jpg [ 154.94 KiB | 902-mal betrachtet ]
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birgit
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Betreff des Beitrags: Re: Week 3 problems 2014 Verfasst: 17.03.2014, 14:39 |
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Versuchskaninchen |
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Registriert: 13.09.2010, 09:34 Beiträge: 11
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Ich komm auch auf die gleichen Ergbenisse, nur bei Bsp 2 bei 20°C komm ich bei K_a auf 5,8*10^5
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Annwann
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Betreff des Beitrags: Re: Week 3 problems 2014 Verfasst: 17.03.2014, 15:27 |
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Versuchskaninchen |
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Registriert: 28.07.2009, 16:38 Beiträge: 61
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chrisz hat geschrieben: P1 habe ich mit Rosenthal gelöst und für gebundenen Ligand auf der x-Achse einfach die RUs genommen. Die y-Achse sind die RUs durch den zugegebenen Liganden dividiert und dann mit einer linearen Trendlinie ergänzt. Aus der Steigung folgen und Kd (6,6E-8(M)) und Ka (1,5E+7(M-1))
Eure Lösung stimmt recht gut mit der aus dem original paper überein ( http://www.sciencedirect.com/science/ar ... 9503700290), aber ich habe eine Frage dazu: Beim Rosenthal-plot trägt man auf der y-Achse Bound/ Free auf, in der Angabe sind aber die total concentrations von PDC-109 gegeben, warum kann man das trotzdem so machen? Danke schon mal!
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chrisz
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Betreff des Beitrags: Re: Week 3 problems 2014 Verfasst: 17.03.2014, 16:01 |
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Versuchskaninchen |
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Registriert: 20.11.2010, 16:48 Beiträge: 59
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Geschenkt - da war ein falscher Bezug in meinem Excel Blatt. Also Zeile 2 Ka = 5,8E+5
Tja was soll ich sagen warum das geht: Ich weiß es nicht. Mittlerweile hab ich schon 3 Seiten von meinem Volksbank-Werbegeschenks-Block vollgeschmiert und komm auf keinen grünen Zweig warum man für [L]frei die Konzentrationen so wie sie sind einsetzen kann. Auch das Buch hilft mir in diesem Fall überraschend wenig weiter.
Aber falls irgendjemand das durchschauen sollte, dann werde ich aufmerksamst mitlesen oder zuhören.
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Triologie
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Betreff des Beitrags: Re: Week 3 problems 2014 Verfasst: 17.03.2014, 16:22 |
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Mikroskopierer/in |
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Registriert: 18.08.2010, 20:36 Beiträge: 236
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Ich kann mal Versuchen meinen Senf dazuzugeben... Ich denke, man braucht hier vielleicht den Scatchard Plot. Zwischen 1.0 und 3.0 µM erhöht sich die RU nur um 150, während sie zwischen 0.05 und 0.15 um satte 250 steigt. Ich würde daher annehmen, dass 1150 (fast) das Signal bei gesättigtem Protein ist. 1150 ist daher meine total number of sites n. Wenn ich jetzt alle RU Signale (also in diesem Falle die actual sites occupied n_quer) durch 1150 dividiere, erhalte ich theta. Im nächsten Schritt dividiere ich Theta durch [L] - also die Gesamtkonzentration an Ligand - und plotte Theta gegen Theta/[L]. Wenn ich das mache kommt mir die gleiche Steigung raus wie Chrisz, aber mit anderem d-Wert.
Das K_d ist bei mir 6.64 * 10^-8 M und K_a 1.50 * 10^7 M
Das Ergebnis ist das selbe, weil hier ja sowohl die x als auch die y sich nur durch die Division durch 1150 von den original Werten unterscheiden. Aber das ganze macht so finde ich für mich mehr Sinn :S Im Paper steht jedenfalls, dass sie den Scatchard Plot verwendet haben, ohne Division. Macht ja keinen Unterschied, also keine Ahnung.
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chrisz
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Betreff des Beitrags: Re: Week 3 problems 2014 Verfasst: 17.03.2014, 17:11 |
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Versuchskaninchen |
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Registriert: 20.11.2010, 16:48 Beiträge: 59
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Eine Nacht drüber schlafen sollte helfen.
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berry
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Betreff des Beitrags: Re: Week 3 problems 2014 Verfasst: 17.03.2014, 17:54 |
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Eprouvettenschüttler/in |
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Registriert: 07.09.2010, 15:05 Beiträge: 174
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So recht verstehen kann ichs auch nicht, aber in der Vorlesung hat er auf alle Fälle darauf hingewiesen, dass mans mit dem Rosenthal-plot rechnen kann (bzw. soll? )
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berry
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Betreff des Beitrags: Re: Week 3 problems 2014 Verfasst: 18.03.2014, 07:22 |
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Eprouvettenschüttler/in |
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Registriert: 07.09.2010, 15:05 Beiträge: 174
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Theorie nach "einmal drüber schlafen": 1000 RU entsprechen laut Wilson 1 ng gebundenes Material, das sind umgerechnet (Molmasse ca 678 g/mol) 1,62*10^-12 mol. Wenn ich jetzt 1 Liter hernehm, leer ich quasi insgesamt zB 1 µmol Protein drauf, wovon 1,6*10^-6 µmol binden, also so gut wie nichts, weshalb ich annähern kann, dass [P]total gleich [P]unbound ist. Was sagt ihr dazu?
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Triologie
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Betreff des Beitrags: Re: Week 3 problems 2014 Verfasst: 18.03.2014, 11:57 |
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Mikroskopierer/in |
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Registriert: 18.08.2010, 20:36 Beiträge: 236
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Hab ich mir auch gedacht, dass [L] vermutlich im Überschuss da liegt... steht auch so im Buch. Wenn das gebundene L sehr klein ist, kann man auch [L] nehmen. Ist aber auch egal, ich hab' es jetzt so gerechnet wie ich es oben beschrieben hab - alleine auch aus Interesse, was er dazu sagt.
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birgit
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Betreff des Beitrags: Re: Week 3 problems 2014 Verfasst: 18.03.2014, 12:02 |
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Versuchskaninchen |
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Registriert: 13.09.2010, 09:34 Beiträge: 11
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Ich bild mir ein, Wilson hat in der VO kurz erwähnt, dass in unserem HÜ-Bsp das Protein hauptsächlich ungebunden vorliegt..das würde mit deiner Überlegung übereinstimmen..dann würde doch ein Rosenthal-Plot passen, oder?
lg
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carolineha
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Betreff des Beitrags: Re: Week 3 problems 2014 Verfasst: 18.03.2014, 19:39 |
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Versuchskaninchen |
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Registriert: 16.03.2010, 18:03 Beiträge: 5
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chrisz hat geschrieben: P1 habe ich mit Rosenthal gelöst und für gebundenen Ligand auf der x-Achse einfach die RUs genommen. Die y-Achse sind die RUs durch den zugegebenen Liganden dividiert und dann mit einer linearen Trendlinie ergänzt. Aus der Steigung folgen und Kd (6,6E-8(M)) und Ka (1,5E+7(M-1))
(Ergebnisse finden sich in der angehängten Tabelle)
Hab bei Ka 5,8 e5 1/M gefunden (kann es sein, dass du das minus beim eingeben vergessen hast? - zumindest hat ich auch mal dein ergebnis^^) Bei der Formel komm ich aber nicht mit den Einheiten zurecht zumindest kürzen sich bei mir die Mol auch weg... aber muss ja stimmen... ka und bei P2 glaub ich auch dass man es mit rosenthal machen kann. Hab mir nämlich das mit den einheiten überlegt.... wenn man nämlich auf mol umrechnet rechnest du ja jede Masse durch die selbe molare Masse sprich der selbe Faktor also bleibt die Steigung ja gleich.... weiß nicht wie fern das jetzt stimmt aber wäre zumindest eine Erklärung warum es so auch geht...
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chrisz
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Betreff des Beitrags: Re: Week 3 problems 2014 Verfasst: 18.03.2014, 20:49 |
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Versuchskaninchen |
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Registriert: 20.11.2010, 16:48 Beiträge: 59
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Triologie hat geschrieben: Hab ich mir auch gedacht, dass [L] vermutlich im Überschuss da liegt... steht auch so im Buch. Wenn das gebundene L sehr klein ist, kann man auch [L] nehmen. Ist aber auch egal, ich hab' es jetzt so gerechnet wie ich es oben beschrieben hab - alleine auch aus Interesse, was er dazu sagt. Ausgezeichnet Also ich hab keine neuen weltbewegenden Erkenntnisse mehr errungen beim Nachdenken. Denk mir halt wenn das Kd 10^-8 ist, dann spricht das nicht unbedingt dafür das der Ligand frei ist. Kd=[P][L]/[PL], also muss [PL] gigantotiös sein, wenn die Zahl so klein wird und das heißt der Ligand is an Protein gebunden. Vielleicht eine blöde Frage, aber: Ist das PDC der Ligand oder das Protein in der Formel? War mir bis jetzt recht sicher, aber jetzt wo ich so lange drüber nachgedacht hab ... Da kriegt ma ja an schadn..
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Annwann
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Betreff des Beitrags: Re: Week 3 problems 2014 Verfasst: 19.03.2014, 14:06 |
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Versuchskaninchen |
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Registriert: 28.07.2009, 16:38 Beiträge: 61
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carolineha hat geschrieben: Denk mir halt wenn das Kd 10^-8 ist, dann spricht das nicht unbedingt dafür das der Ligand frei ist. Kd=[P][L]/[PL], also muss [PL] gigantotiös sein, wenn die Zahl so klein wird und das heißt der Ligand is an Protein gebunden.
Vielleicht eine blöde Frage, aber: Ist das PDC der Ligand oder das Protein in der Formel? War mir bis jetzt recht sicher, aber jetzt wo ich so lange drüber nachgedacht hab ... Da kriegt ma ja an schadn.. PDC müsste der Ligand sein, weil der biosensor-mikrochip wird mit einem monolayer DMPC beschichtet (steht im paper). Und das kleine Kd weist mM darauf hin, dass die Bindung stark ist (wenige Moleküle dissoziieren).
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