Hallo alle zusammen. Wie siehts aus will jemand Ergebnisse für die gestellten Fragen vergleichen und diskutieren?

Ich mach dann mal den Anfang :

Exercise 1 Database searches:
1) Use a web-browser to retrieve a protein sequence of lambda repressor from SWISS-PROT (http://us.expasy.org/sprot). Search for the words "lambda repressor" in the protein knowledge base (UniProtKB). Note the number of hits and write down what kind of information is available for the entries.

120 hits, Information: Namen, Herkunft, Proteineigenschaften,Ontologies, Sequence annotation, Sequence and References , Cross References Entry information


2)In the same database, search for more sequences using the keywords, "human catalase". How many entries do you find? Are these all really human catalases? Why, or why not? Find out how to limit the search to catalases in human.

6 hits

3)Go to the SRS server (http://srs6.ebi.ac.uk/) and find human genes that are larger than 200 kilobase pairs and also have a poly-A signal. Click on the "Library Page" button. Select "EMBL" in the "Nucleotide sequence databases" section. Choose the "Extended" query form on the left of the page. In the following page, select human ("hum") at the "Division" section. Enter "200000" in the "SeqLength >=" field. Enter "polya_signal" in the "AllText" field. Press the "Search" button. How many hits do you get? Write down the sequence of the Poly-A signal of three entries.

96 hits

4) Use your knowledge and creativity to do the following SRS exercises
Find protein sequences from Rhizobium submitted by Ausubel between 1991 and 2001 in the Uniprot/Swiss-Prot database. Write down the entry names.
Find full-length protein sequences of mammalian tyrosine phosphatase in the UniProt/Swiss-Prot database. (hint: the taxonic group of mammals is mammalia; use '! segmented' to restrict to full-length sequences). Write down the number of hits and the names of the different species you found.

???

5) Go to the web page of NCBI Entrez (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gquery) and use the advanced search options to find protein sequences for human kinase modified or added in the last 30 days in GenBank. In the Entrez website, go to the "Protein" database, enter "human[ORGN] kinase" and then select "30 days" in the "Modification in the last" field of the "Limits" section. Select "GenBank" as source database. Write down the number of hits. Do you think this is a large number? Explain!

114 hits

6) Using Entrez, search DNA sequences for mouse fas antigen with annotated exons or introns. (Do not forget to deselect "Limits" from the above exercise) In Entrez, select the Nucleotide database. Type "mouse[ORGN] AND fas AND (exons OR introns)". Click "Go". Write down the number of entries that you found.

10 hits

so irgendwelche Kommentare?

1) http://www.uniprot.org/uniprot/?query=l ... sort=score
7474 hits
4) 1. NTRB_RHIME
Y383_RHIME
Y382_RHIME
2. Homo sapiens (Human)
Mus musculus (Mouse)
Rattus norvegicus (Rat)
Bos taurus (Bovine)
Pongo abelii (Sumatran orangutan)
Macaca fascicularis (Crab-eating macaque) (Cynomolgus monkey)
5) 2673
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein?term=human[ORGN]%20kinase

sonst komme ich auf die selben Ergebnisse...

lg

hab meine Ergebnisse nochmal überarbeitet:

1) 7474 hits
2) 6 hits
3) 96 hits
4) 46 hits
5) 2673 hits
6) 10 hits

Determine Structure und function 707 AS -->3fpxA02

Exercise 2:

1) unterschiedlich viele chain B = 9 s
2) 8s 13h
3) 21 chains 12,84 A
4) CGCGAATTCGCG

ich hab die db searches recht ähnlich. danke fürs reinstellen. bei E1, bsp. 5 hab ich allerdings bedeutend mehr hits (8000+) als ihr. muss ich mir nocheinmal anschauen warum das so ist.

eine frage noch zum swissprot: wie bestimmt man bei E2 , bsp. 2 die anzahl der strukturelemente?

ad Swissprot: Die Anzahl der Sekundärelemente hab ich mit dem "Control panel" abgezählt. Ka obs eine schnellere Methode gibt, ich hab keine gefunden. Sämtliche beta-sheets und alpha-helices werden dort mit einem Kleinbuchstaben neben der zugehörigen Aminosäure bezeichnet, ich glaub es waren "h" und "s".
Die Anzahl der "Chains" hab ich genauso abgezählt. Jeder Großbuchstabe bezeichnet eine Kette. Vorsicht: Es wird dabei nicht immer durchnummeriert, d.h. einzelne Buchstaben können fehlen!

danke, so hab ichs auch gemacht. wird aber wohl irgendwo eine möglichkeit geben das aus den daten direkt auszulesen. wäre zumindest praktisch.

@schlumpf bzw. auch die anderen: wie kommst du beim 2. protein auf 8 sheets und 13 helices? das ding hat doch wesentlich mehr elemente so wie es als 5TIM importiert wird. oder ist da nicht die struktur von dem ganzen gemeint?

edit: dann wäre da noch die frage wie das mit der sequenz der structure elements zu verstehen ist. was soll ich da aufschreiben? wann eine helix kommt und wann ein sheet oder wie?

"Write down the sequence of the secondary structure elements, starting from the N-terminus to the C-terminus"

das problem mir bsp. 5 hab ich gefunden, es war GenBank nicht ausgewählt, daher mehr resultate. hab jetzt auch 2673.

Er will glaub ich die AS-Sequenz aller sekundären Elemente wissen. Dazu musst du im control panel alle sekundär-Elemente markieren (es gibt einen Befehl dazu im Reiter "Select") und gehst dann in dem Reiter, wo du dir das Control panel anzeigen lassen kannst, auf show alignment oder so ähnlich. Dann zeigt er dir die Sequenz an. Die markierten AS im control panel sind auch hier markiert, daher kannst du die mit copy-paste einfach ein dein protokoll rüberkopieren.

und da sind sie nun. danke dir!

Die Benotung ist schn ausgehängt. Ich habs abfotografiert und stells am Abend online - hab jetzt kein Kabel da!

lg Luci

sorry, irgendwie hats gestern nicht funktioniert