Kann mir jemand bei der Bewertung der Ergebnisse aus Punkt c helfen? Welcher Baum ist der beste? Ich würde sagen der, der mit der "complete" methode erstellt wurde weil er die Unterteilung in die beiden Gruppen die auch im Excel-file dargestellt sind am besten abbildet. Aber das weiss ich im Endeffekt weil sie da benannt sind. Kann ich es am Baum selbst sehen, also die Qualität des Dedrogramms in R bewerten?

Und wie ist der output von kmeans() zu interpretieren?

Vielleicht kann mir da jemand Hinweise geben. Danke!

Bei der Dendrogramm-Bewertung hilft dir der Agglomerative Coefficient unter dem Dendrogram. Je höher, desto besser, schätz ich mal. Ka wie er das berechnet...egal....biggest rock is best rock ^^

Kmeans is einfach nur eine andere clustering Methode als Agnes. Du kannst das in seinen VO-Unterlagen recht gut nachlesen. Der Auswurf listet einfach alle Patienten auf und weist ihnen eine von den (vorher festgelegten) zwei Clustergruppen zu. Dann vergleichst du das ganze mit agnes.

tja das kommt auf deinen output an!!!

interpretieren können wir die ergebnisse auch nur deshalb weil 1) das Ergebniss schon kennen (wir wissen ja welcher Patient welchen Phenotyp angehört) 2) wir mit einer anderen Methode (agnes) vergleichen können.

ich hab zum Beispiel:

agnes (complete)
> table(dat.orig$phenoData, cutree(cl1, 2))

1 2
ALL1/AF4 0 10
BCR/ABL 36 1

kmeans
> table(dat.orig$phenoData, cl2$cluster)

1 2
ALL1/AF4 0 10
BCR/ABL 37 0

in meinem Fall weist die Methode kmeans die Daten den richtigen Gruppen zu so wie sie in wirklichkeit auch sind, wohingegen agnes einen in die falsche Gruppe zuweist. Wir können das auch nur deshalb feststellen, weil wir mit den richtigen Werten vergleichen...

ich hoffe das hilft dir ein wenig deine Daten zu interpretieren

PS: keine Garantie auf die Richtigkeit meiner Annahme!!!

danke, das hilft schon mal.

kann mir vielleicht noch jemand sagen wie das mit der heatmap geht? die man-page ist etwas dürftig, gibts da infos in den skripten bzw. was habt ihr für commands verwendet um die zu generieren?

Hallo!

ich brauche auch Hilfe! Wie kann ich die blöde xls datei hochladen?? Ich bekomme immer die Fehlermeldung :

> dat.orig <- read.csv2(file.choose(), row.names=1)
Warnmeldung:
In read.table(file = file, header = header, sep = sep, quote = quote, :
unvollständige letzte Zeile von readTableHeader gefunden in 'C:\Users\Anda\Desktop\RPORTABLE\eigene R-Dateien\Exercise_CompBio_2011W_h0507571.xls'
>

und ich hab als Paket 'Rcmdr' schon installiert (((

Ich hasse dieses R Programm!! Ich habe während der Übungen schon alles fast fertig gemacht, außer die letzte Angabe und es funktioniert an meinem PC nicht mehr!!!

@cubicglobe: Es gibt ein "Schummel"Skript hier in den Lernkatalogen, in ders einen netten Befehl gibt, der die eine schöne Heatmap zeichnet. ^^

@andyna: Öhm.....du musst den Befehl > library(cluster) eingeben, nicht > library(Rcmdr)

Danke!

Jetzt bekomme ich
> dat.orig <- read.csv2(file.choose(), row.names=1)
> dat.orig
Dataframe mit 0 Spalten und 47 Zeilen

Aber ich sollte 11 Spalten haben (. Kann an der Formatierung von der Tabelle liegen?

welche datei meinst du? die Skriptfile_for_Computational_Mathematics_text_version.pdf?

heatmap hab ich mal, bei punkt d häng ich noch ein wenig ...

@cubicglobe: Keine Ahnung wie das file heißt, ich mein das hier: Computational Biology Practical Exercise

Also zu d): Im Endeffekt clusterst du halt mit kmeans statt mit agnes und schaust, ob er dir auch dieselben Werte in dieselben Gruppen reinschmeißt.....oder so ähnlich

hängen die noten für P3 schon irgendwo?

falls es niemand weiß, ich schau morgen vorbei und fotografiers wieder ab

das ergebnis wird online gestellt, lt. oostenbrink hat es spangl noch nicht verbessert. P1, P2 und P4 hängen im 6. stock.

Ich hab Prof. Oostenbrink heut auch ne Mail geschrieben, weil ich die Note wirklich bald brauch: Er hat gemeint, dass die P3 Noten DIESE Woche noch kommen, denn "[...]Bernhard Spangl has solemnly promised me that they will come this week.[...]"
Ich nehm ihn mal beim Wort. ^^

zwei tage noch. macht eure mistgabeln und fackeln bereit.

Wer is also morgen dabei, wenn ich den 6.Stock der Muga II stürme? Hah, dann werd ich auf all deren Computern Windows installieren. In your face! ^^